biommap/patches/taxhub/install_db.sh

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Bash
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2021-05-31 13:42:58 +00:00
#!/bin/bash
# Make sure only root can run our script
if [ "$(id -u)" == 0 ]; then
echo "This script must not be run as root" 1>&2
exit 1
fi
#Création des répertoires systèmes
. create_sys_dir.sh
create_sys_dir
if [ ! -f settings.ini ]; then
cp settings.ini.sample settings.ini
fi
# nano settings.ini
#include user config = settings.ini
. settings.ini
#get app path
DIR=$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )
LOG_DIR=$DIR/var/log
function database_exists () {
# /!\ Will return false if psql can't list database. Edit your pg_hba.conf
# as appropriate.
if [ -z $1 ]
then
# Argument is null
return 0
else
# Grep db name in the list of database
sudo -u postgres -s -- psql -tAl | grep -q "^$1|"
return $?
fi
}
if database_exists $db_name
then
if $drop_apps_db
then
echo "Suppression de la base..."
sudo -u postgres -s dropdb $db_name
else
echo "La base de données existe et le fichier de settings indique de ne pas la supprimer."
fi
fi
if ! database_exists $db_name
then
echo "Création de la base..."
sudo -u postgres -s createdb -O $user_pg $db_name
sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;" &> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "uuid-ossp";' &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "pg_trgm";' &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
# Mise en place de la structure de la base et des données permettant son fonctionnement avec l'application
echo "Création de la structure de la base..."
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/taxhubdb.sql &> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql &> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
echo "Décompression des fichiers du taxref..."
array=( TAXREF_INPN_v13.zip ESPECES_REGLEMENTEES_v11.zip LR_FRANCE_20160000.zip BDC_STATUTS_13.zip)
for i in "${array[@]}"
do
if [ ! -f '/tmp/taxhub/'$i ]
then
wget http://geonature.fr/data/inpn/taxonomie/$i -P /tmp/taxhub
unzip /tmp/taxhub/$i -d /tmp/taxhub
else
echo $i exists
fi
done
echo "Insertion des données taxonomiques de l'inpn... (cette opération peut être longue)"
cd $DIR
sudo -u postgres -s psql -d $db_name -f data/inpn/data_inpn_taxhub.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
echo "Création de la vue représentant la hierarchie taxonomique..."
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/materialized_views.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
echo "Insertion de données de base"
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/taxhubdata.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
echo "Insertion de fonctions génériques de détection de vues dépendantes"
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
if $insert_geonatureatlas_data
then
echo "Insertion de données nécessaires à GeoNature-atlas"
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/taxhubdata_atlas.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
fi
if $insert_attribut_example
then
echo "Insertion d'un exemple d'attribut"
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/taxhubdata_example.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
fi
if $insert_taxons_example
then
echo "Insertion de 8 taxons exemple"
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/taxhubdata_taxons_example.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
fi
if [ $users_schema = "local" ]
then
echo "Création du schéma Utilisateur..."
wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/UsersHub/$usershub_release/data/usershub.sql -P /tmp
wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/UsersHub/$usershub_release/data/usershub-data.sql -P /tmp
wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/UsersHub/$usershub_release/data/usershub-dataset.sql -P /tmp
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f /tmp/usershub.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f /tmp/usershub-data.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f /tmp/usershub-dataset.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -f data/adds_for_usershub.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
else
echo "Connexion à la base Utilisateur..."
cp data/create_fdw_utilisateurs.sql /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
cp data/grant.sql /tmp/taxhub/grant.sql
sed -i "s#\$user_pg#$user_pg#g" /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
sed -i "s#\$usershub_host#$usershub_host#g" /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
sed -i "s#\$usershub_db#$usershub_db#g" /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
sed -i "s#\$usershub_port#$usershub_port#g" /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
sed -i "s#\$usershub_user#$usershub_user#g" /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
sed -i "s#\$usershub_pass#$usershub_pass#g" /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql
sed -i "s#\$usershub_user#$usershub_user#g" /tmp/taxhub/grant.sql
sudo -u postgres -s psql -d $db_name -f /tmp/taxhub/create_fdw_utilisateurs.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
sudo -u postgres -s psql -d $db_name -f /tmp/taxhub/grant.sql &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
fi
# Vaccum database
echo "Vaccum database ... (cette opération peut être longue)"
export PGPASSWORD=$user_pg_pass;psql -h $db_host -U $user_pg -d $db_name -c "VACUUM FULL VERBOSE;" &>> $LOG_DIR/installdb/install_db.log
fi